Kontaminacja krzyżowa to przedostanie się resztek jednego produktu, surowca lub zanieczyszczenia do innego produktu.

Do kontaminacji krzyżowej może dojść, gdy różne produkty przechodzą przez te same urządzenia, rury czy zbiorniki, a po poprzednim produkcie coś zostało. Może też do niej dojść przez narzędzia, opakowania, powietrze albo ręce i odzież pracowników.

Skutki zależą od tego, co się przedostało:

• zmiana właściwości produktu, np. inny kolor, smak lub zapach,
• alergeny, np. orzechy, gluten czy mleko w produkcie, który według etykiety ich nie zawiera, co jest groźne dla osób uczulonych,
• zanieczyszczenie mikrobiologiczne, czyli bakterie lub pleśnie przeniesione z jednego produktu do drugiego,
• pozostałości chemiczne, np. środków myjących.

W przemyśle spożywczym i kosmetycznym kontaminacja krzyżowa może oznaczać wycofanie produktu ze sklepów, kary i utratę zaufania klientów. Zapobiega się jej m.in. przez dokładne mycie, oddzielenie produkcji wyrobów z alergenami, odpowiednią kolejność produkcji i projektowanie urządzeń tak, żeby nie zostawały w nich resztki.

Przykład: Zakład piekarniczy produkuje na jednej linii pieczywo z sezamem i bez sezamu. Jeśli po serii z sezamem urządzenia nie zostaną dokładnie oczyszczone, ziarna sezamu mogą trafić do pieczywa, które według etykiety go nie zawiera. Osoba uczulona na sezam może po jego zjedzeniu mieć groźną reakcję alergiczną. Dlatego zakład najpierw produkuje pieczywo bez sezamu, a dopiero potem z sezamem, i po każdej serii z sezamem dokładnie czyści linię.